Что умеет ab1lens
ab1lens — браузерный вьюер хроматограмм секвенирования Sanger / .ab1.
Скриншоты ниже показывают его основные возможности:
- чтение хроматограммы
- сравнение двух ридов рядом
- выравнивание рида на референс
- поиск мотивов и праймеров
- проверка качества (QC)
- просмотр и сравнение тегов ABIF
- экспорт картинки для публикаций
- просмотр сырой и обработанной дорожек
- просмотр ручных правок бейзколла
- тримминг некачественных концов
Файлы обрабатываются в браузере, на вашем компьютере, и не пересылаются по сети.
Чтение хроматограммы SangerОсновной вид: трейс Sanger / .ab1 с цветными пиками A/C/G/T, бейзколлами, столбиками качества по базам и линейкой позиций.
Трейс масштабируется и прокручивается вплоть до отдельной базы, прямо в браузере.
Просмотр сырой и обработанной дорожекСырой скан и обработанный трейс одного .ab1 показаны рядом, каждый на своей дорожке.
Удобно оценить, что изменила обработка.
Сравнение двух ридов рядомДва .ab1 файла открыты одновременно и прокручиваются синхронно по позиции — удобно сверить повтор или пару forward / reverse.
Выравнивание ридов и пошаговый просмотр различийДва рида в колоночном выравнивании — со вставками, делециями и несовпадениями; по различиям можно переходить по одному.
Выравнивание рида на референсВставленная референсная последовательность (или FASTA), выровненная на рид: показаны процент совпадения и все несовпадения, привязанные к трейсу для проверки по базам.
Поиск мотивов и праймеровПоиск любого мотива последовательности с учётом IUPAC и нахождение сайтов посадки праймеров на любой цепи.
Совпадения подсвечиваются на трейсе, по ним можно переходить.
Тримминг некачественных концовНекачественные концы обрезаются автоматически (Mott или скользящее окно), с перетаскиваемыми ручками для тонкой настройки.
Тримминг переносится в экспортированные FASTA / FASTQ.
Контроль качества одним взглядомСводка QC по каждому риду: длина, среднее и медианное качество Phred, %Q20 и %Q30, самый длинный качественный участок и число N.
Просмотр и сравнение тегов ABIFДиректория ABIF — каждый тег, тип, размер и значение внутри .ab1 файла — с фильтром и поиском.
При двух открытых ридах их директории стоят рядом, а различия подсвечены.
Экспорт картинок для публикацийХроматограмма, отрисованная в чёткий PNG высокого разрешения, с настройками диапазона баз, масштаба, светлой или тёмной темы и набора дорожек.
Готово для статей и презентаций.
Просмотр ручных правок бейзколлаПрограммные бейзколлы (PBAS2) и отредактированная вручную версия (PBAS1) показаны друг под другом и выровнены; каждая изменённая позиция помечена.