Что умеет picklet
picklet открывает файл с последовательностями, показывает, что внутри, и сохраняет выбранное в FASTA.
Скриншоты ниже показывают его основные возможности:
- файлы примерно двух десятков форматов
- формат определяется по содержимому, а не по имени файла
- отбор последовательностей сразу из нескольких файлов
- фильтры по длине, имени, типу и GC
- трансляция выбранной ДНК в белок
- удаление дубликатов и порядок вывода
Файлы обрабатываются в браузере, на вашем компьютере, и не пересылаются по сети.
Файлы разных форматов в одном спискеВыгрузка GenBank, сохранённая как .txt, сэнгеровский .ab1 и мульти-FASTA открыты рядом в одном списке.
Формат определяется по содержимому, поэтому файл с «неправильным» именем всё равно прочитан как GenBank, а отмеченные записи из всех трёх собираются в одну FASTA справа.
Фильтры сужают длинный списокФильтры складываются и прячут лишнее: диапазон длины и диапазон GC оставили четыре из одиннадцати кодирующих последовательностей генома фага.
Скрытое нельзя выбрать, поэтому в сохранённый файл оно не попадёт.
Трансляция выбранной ДНК в белокВыбранные кодирующие последовательности транслируются на выходе — в нужной рамке считывания и по любой из таблиц генетического кода NCBI.
В превью виден белок, который будет сохранён; исходный файл остаётся нетронутым.
Дубликаты убраны, порядок заданДва файла с четырьмя общими последовательностями сведены в одну FASTA: повторы схлопнуты — со счётчиком, сколько именно, — а записи выходят отсортированными по длине.
Дубликаты считаются по итоговой последовательности, уже после преобразований.