arrow_drop_down
readhit
EN
RU
dark_mode
account_circle
home
read
hit
Выравнивание ридов на один короткий референс: покрытие, расхождения и консенсус.
upload_file
Откройте референс
перетащите сюда или нажмите, чтобы выбрать — FASTA, GenBank, .ab1 · риды следующим шагом
Или вставьте последовательность
Использовать
или откройте готовый набор
Плазмида, три сангеровских трейса
Три рида .ab1 на CRISPR-конструкт 4.7 кб против его же депонированной карты. Между собой риды совпадают на 99%, а с картой расходятся ровно в двух местах — 20-нуклеотидных спейсерах gRNA после каждого U6-промотора, и один из них у этого клона свой. Проверка клона, как она есть.
Ампликон, 400 иллюминовских ридов
Окно 450 п.н. в S-гене SARS-CoV-2, глубина 400×, с обоих концов одного ARTIC-ампликона. Все риды несут одну и ту же делецию 3 п.н. — ΔY144, делецию NTD у линии Alpha. Данные COG-UK.
Уже выровнено: 150 длинных ридов
Окно 1.6 кб в S-гене под 150 ридами PacBio HiFi примерно по 720 п.н. — открыто так, как оставил minimap2: у каждого рида позиция и CIGAR, поэтому здесь не выравнивается ничего. Строка пересекает половину мишени, а не пятнадцатую её часть — так выглядит пайлап из длинных ридов. У этого образца линии Delta здесь T95I, G142D, делеция 6 п.н. Δ156–157, L452R и T478K, и все они записаны прямо в CIGAR, а не найдены пайлапом.
Один образец, оба метода
Окно 580 п.н. в ORF6/ORF7a: два сангеровских рида и 250 иллюминовских того же самого образца — сангер поверх пайлапа, ради чего это один тул, а не два.
Впервые здесь? Посмотрите, что умеет readhit →