Что умеет readhit
readhit раскладывает риды секвенирования на одну мишень и показывает, что они о ней говорят.
Скриншоты ниже показывают главное:
- Выравнивание сангеровских и NGS-ридов на один референс
- Размещение ридов через minimap2 — в браузере
- Покрытие, глубина и доли в колонке
- Хроматограммы капиллярных ридов
- SAM как готовое выравнивание
- Консенсус и его трансляция в белок
Файлы обрабатываются в браузере, на вашей машине — ничего не уходит по сети.
Прогон на одном гене, прочитанный как пайлапЧетыреста ампликонных ридов на мишени 451 п.н.: непересекающиеся риды делят строку, поэтому набор занимает экран, а не четыреста строк.
Под референсом — профиль глубины и консенсус: высота столбика — это глубина, а цвета внутри — базы, которые расходятся. Риды размещает minimap2, собранный в WebAssembly и работающий в воркере, либо встроенный алайнер.
Капиллярные риды со своими трейсамиТри сангеровских рида одной конструкции — на её же карте GenBank.
Каждый рид нарисован тем трейсом, из которого его прочитали, уже в координатах выравнивания: расхождение решается взглядом на пики, а не на букву, которую кто-то выбрал за вас.
SAM, открытый как готовое выравниваниеСто пятьдесят ридов PacBio HiFi так, как их положил minimap2, прямо из SAM: файл говорит, где каждый рид, а readhit читает CIGAR.
Здесь ничего не выравнивается и не обрезается — показать картину, которой в файле нет, это единственное, чего вьюер делать не должен. Качество риды несут своё, а база Q93 у HiFi настолько надёжна, насколько база вообще бывает.
Оба метода, одна мишеньОдин образец, прочитанный дважды — капиллярным ридом и глубоким ампликонным прогоном — на одном гене, в одной сессии и одной системе координат.
Колонка здесь глубиной 252 рида, и все они согласны; а строка, которую называет статус-бар, — это капиллярный рид. Два метода, отвечающие на один вопрос в одной позиции, и есть довод держать их вместе.
Консенсус и то, что он кодируетРеференс и консенсус транслируются в выбранной рамке и с выбранным генетическим кодом, каждый своей дорожкой.
Тогда расхождение читается там, где оно важно: статус-бар называет кодон, в который оно попало, и меняет ли оно остаток.