Что умеет gbatlas
gbatlas — браузерный вьюер записей GenBank и GenPept.
Скриншоты ниже показывают его основные возможности:
- запись GenBank на карте фич
- круговая карта для кольцевых молекул
- фильтрация карты по типу фич
- трансляция CDS по генетическому коду записи
- поиск открытых рамок считывания
- карта сайтов рестрикции
- исходный текст рядом с картой
- работа с файлом из нескольких записей
Файлы обрабатываются в браузере, на вашем компьютере, и не пересылаются по сети.
Как выглядит запись GenBankГлавный экран: фичи из аннотации разложены вдоль молекулы, сверху — сводка по записи, снизу — последовательность.
Круговая карта молекулыУ кольцевой записи рядом с линейной картой появляется круговая.
Потяните кольцо — оба вида повернутся вместе, они смотрят на одну и ту же область.
Фильтр по типам фичВсе типы фич перечислены со счётчиками.
Выключите лишний — он пропадёт и с карты, и из исходника, и плотную запись станет видно слой за слоем.
Трансляция CDS по правилам самой записиgbatlas берёт генетический код и /codon_start из записи, а не подставляет стандартную таблицу.
А если сохранённый /translation разошёлся с пересчитанным, он прямо об этом скажет.
Поиск открытых рамок считыванияОтдельный слой рисует найденные ORF рядом с фичами из файла — выручает, когда аннотация скудная или её нет вовсе.
Вычисленное всегда отличается на вид от того, что объявлено в записи.
Карта сайтов рестрикцииЕщё один слой наносит на молекулу сайты рестрикции — со счётчиком и фильтром по ферментам.
У кольцевой записи засечки появляются и на круговой карте.
Исходный текст рядом с картойТекст GenBank никуда не прячется и лежит рядом с картой.
Выберите фичу в одной панели — она подсветится и в другой.
Несколько записей в одном файлеТакой файл открывается как один документ с переключателем записей.
Переключение меняет сразу всё — карту, исходник и последовательность.